Marko Ivan Rupnik nasce il 28 novembre 1954 a Zadlog, presso Idrija, dopo tre sorelle, ultimo di quattro figli, da Ivan e Ivanka Kaucic. Nel 1973 entra nella Compagnia di Gesù. Studia filosofia a Lubiana e poi si iscrive nel 1977 all'Accademia delle Belle Arti di Roma, dove termina gli studi nel 1981. Seguono gli studi di teologia alla Gregoriana, a Roma. Diventa sacerdote nel 1985. Sempre presso la Gregoriana, inizia la specializzazione in missiologia. Dal 1987 al 1991 vive a Gorizia presso il Centro “Stella Matutina” dei gesuiti, dove lavora soprattutto tra i giovani. Nel 1991 consegue il dottorato presso la Facoltà di missiologia della Gregoriana con una tesi guidata da p. Špidlìk su Il significato teologico missionario dell’arte nella saggistica di Vjačeslav Ivanovič Ivanov.
Dal settembre 1991 vive e lavora a Roma presso il Centro Aletti, di cui è stato direttore fino al 2020. Insegna alla Pontificia Università Gregoriana, al Pontificio Istituto Liturgico S. Anselmo e tiene corsi e seminari presso numerose altre istituzioni accademiche europee.
Nel febbraio 2000 ha ricevuto il premio “France Prešeren”, il più alto riconoscimento per la cultura della Repubblica Slovena. Nel 2002 è insignito dell’onorificenza “Segno d’onore della libertà della Repubblica Slovena”, conferitagli dal Presidente della Repubblica. Nel 2003 ha ricevuto il premio internazionale “Beato Angelico” per l’Europa.

All’attività di artista e di teologo affianca da sempre quella più specificamente pastorale, soprattutto attraverso la guida di numerosi corsi ed esercizi spirituali.

Con l’Atelier dell’arte spirituale del Centro Aletti, Rupnik ha eseguito le opere a mosaico presentate nel sito web del Centro Aletti: www.centroaletti.com